تابع المجلس القومي لحقوق الإنسان بقلق شديد التصريحات التي أطلقها بعض رجال الدين المسيحي والإسلامي والتي تمس كلا من العقيدة الإسلامية والمسيحية علي نحو قد يعرض أمن الوطن للخطر ويمس وحدته الوطنية.
ويناشد المجلس الجميع بوجوب الاحتكام إلي صوت العقل والتحلي بالمسئولية الوطنية, خاصة إزاء تناول بعض وسائل الإعلام لمثل هذه الموضوعات بأسلوب يؤدي إلي إلهاب المشاعر والاحتقان بين نسيج الأمة الواحد.
ويهيب المجلس برجال الدين من الجانبين وأهل الفكر والإعلام أن يكون خطابهم للجماهير صادرا عن روح التسامح والإيمان بحرية الفكر والاعتقاد وقبول الآخر دون التعرض للأديان الأخري وثوابتها.
كما يهيب المجلس بالحكومة أن تسارع بتنفيذ التزاماتها المتعلقة بإقرار حقوق المواطنة بما يضمن المساواة الكاملة في الحقوق والواجبات بين جميع المواطنين دون تمييز يتعلق باللون أو الجنس أو الدين. كما يناشد المجلس الحكومة أن تسارع في إقرار قواعد واضحة ومحددة لإنهاء مشكلات بناء الكنائس وترميمها وتجديدها.
ويساند المجلس بكل قوة حريات الفكر والاعتقاد ويعتبرها حقوقا شخصية لا يحق للحكومة أو أية من مؤسسات المجتمع المدني توجيهها لأهداف ومصالح تصادر علي حريات الأشخاص الطبيعية أو تمسها تحت أي من الدعاوي. كا يرفض المجلس كل الدعاوي غير الطبيعية التي تحيل بعض المشاكل الصغيرة ذات الطابع الإنساني المتعلقة بعلاقات شخصية وفردية إلي فتن تمزق نسيج الوطن الواحد بسبب ادعاءات غير صحيحة عن جرائم اختطاف لم تثبت صحة أي منها.
ويؤكد المجلس في البداية والنهاية أن سيادة القانون ينبغي أن تكون فوق الجميع وألا تكون هناك مؤسسة دينية أو مدنية فوق القانون مهما كانت الظروف والأسباب, كما يشدد المجلس علي تجريم التحريض أو المشاركة في إثارة أي عمل طائفي من الجانبين, هكذا كانت مصر وسوف تبقي دائما.
إن دخول بعض الأطراف الدينية في معترك الفتنة ينذر بخطورة الموقف ويزيد الفتنة اشتعالا, ولهذا السبب يشدد المجلس علي ضرورة اليقظة والحذر والاحتكام إلي صوت العقل وإشاعة مناخ السماحة بما ينهي حالة الاحتقان الراهنة.