في إطار دورها كمنارة للمواهب ونبع للإبداع والذى جعل منها كنيسة الشباب الأولى بإيبارشية بنها وقويسنا، شكلت أمانة الخدمة بكنيسة ماريوحنا الحبيب عدة لجان لإكتشاف المواهب من مختلف الأعمار وذلك على النحو التالى :اللجنة الثقافية : وتخصصها إكتشاف الموهوبين فى المسرح والسينما والشعر والرواية، اللجنة الرياضية : وتخصصها إكتشاف الموهوبين فى كافة الألعاب الرياضية وتنظيم دورات ومسابقات لهذا الغرض، اللجنة الكنسية : وتخصصها دراسة الكتاب المقدس وطقوس الكنيسة والألحان وخدمة الشماس والقداس الإلهى، لجنة التكنولوجيا والمطبوعات : وتخصصها تعليم الكمبيوتر والبرمجة والتكنولوجيا والطباعة.
ويشرف على اللجان نخبة من خدام الكنيسة كل في مجاله.