على قدم وساق يتم الآن مشروع ترميم الكاتدرائية على ثلاث: مراحل المرحلة الأولى، أعمال البنية التحتية وشبكة الصرف الصحي, والمرحلة الثانية أعمل بترميم الواجهات, وهاتان المرحلتان ستكتملان في نهاية عام 2019, أما المرحلة الثالثة فهي ترميم الكنيسة داخليًا، وستبدء في العام القادم.
ويقول المطران نقولا أنطونيو المتحدث الرسمي باسم بطريركية أقباط الروم الأرثوذكس لوطني أن المشروع يتم تمويله من قبل بطريركية الإسكندرية, ويشرف عيه المهندس المدني ميكاليس بيسكوس، والذي تولى تصميم وتنفيذ ترميم الكاتدرائية.
وتجدر الإشارة أن المقر اليطريركي الذي يضم الكاتدرائية ومبنى المقر البطريركي ومبنى مقر القديس نكتاريوس، أسقف بنتابوليس (المدن الخمس)، يتبع هيئة الآثار المصرية والتي أعطت الإذن بتنفيذ العمل على ثلاث مراحل.
وكانت المرحلة الأولى هي الأكثر أهمية، حيث تم فيها دعم مبنى الكاتدرائية الذي يعود إلى عام 1400 ميلادية, وأساس المبنى قديم للغاية مصنوع من الحجر وجدار معتدل، وكان مغمورا بمياه جوفية والتي أثرت أيضا على جدار الكاتدرائية, لذلك تم إنشاء شبكة صرف للمياه حول الكاتدرائية تتجمع في بئر ومنه ترفع المياه بمضخة لتصب شبكة الصرف الصحي الرئيسية.
والمقر اليطريركي بكامله يقع بحي الحمزاوي في أقدم المناطق التاريخية بالقاهرة بالقرب من جامع الأزهر. كما ان كاتدرائية القديس نيقولاوس هي واحدة من أقدم الكنائس الأرثوذكسية في القاهرة، وهي واحدة من أهم المعالم المسيحية.
تاريخيا كان مقر الكرسي الإسكندري البطريركي في دير القديس سابا بالإسكندرية, وفي عام 977 ميلادي، في حبرية البابا إيليا (إلياس) الأول (963-1000م)، تم نقل مقر كرسي البطريركية من دير القديس سابا بالإسكندرية إلى القاهرة في منطقة حارة الروم بمنطقة الأزهر، وكان يضم كنيسة القديس مرقص.
وفي عام 1400 ميلادي تم نقل المقر بطريركي والذي يضم كاتدرائية القديس نيقولاوس إلى حي الحمزاوى، وهو المقر البطريركي الحالي, وفي عام 1870 ميلادي أعاد البابا صوفرونيوس الرابع (1870-1899م) مقر البطريركية من القاهرة إلى المقر الرئيسي للبطريركية في دير القديس سابا بالإسكندرية.