كنيسة الشهيد العظيم مارجرجس بالشاطبي بالاسكندرية كنيسة لها تاريخ وتعد واحدة من أقدم الكنائس بالاسكندرية، فقد أنشئت الكنيسة في نهاية القرن التاسع عشر وبالتحديد عام 1882 ميلادية بغرض الصلاة علي المنتقلين فقط من الأقباط الأرثوذكس، وكانت عبارة عن كنيسة صغيرة وتعتبر ثاني كنيسة بالاسكندرية في ذلك الوقت بعد الكاتدرائية المرقسية، بمحطة الرمل
بناها المرحوم المعلم موسي تادرس فرعون
وقام أبناء المرحوم أنيس يوسف بأعادة بناء الكنيسة عام 1944 تخليدا لذكري والدهم وذلك وجد مكتوبا علي لوحة رخامية وجدت علي باب الكنيسة القديمة بالدور الأرضي أقيمت الكنيسة، وكرست بصلاة القداس عام 1945 ميلادية فقد ذكر في دليل المتحف القبطي للعلامة مرقس سيكة باشا الصادر في عام 1932 ميلادية أن الاسكندرية كان بها كنيستان الكنيسة المرقسية وكنيسة مارجرجس بمدافن الشاطبي في ذلك الوقت
الكنيسة كانت عبارة عن دور أرضي واحدة مخصصة للصلاة علي المنتقلين، ولا تقام القداسات بها الا أيام الأحاد فقط من كل أسبوع كانت أبعاد الكنيسة 13 مترا طولا من الشمال الي الجنوب وعشرة أمتار عرضا من الشرق الي الغرب أي مساحة لا تتعدي 130 مترا مربعا، وقد أنتظمت بها الصلاة عام 1945 ميلادية حيث قام بالخدمة الأباء الرهبان القمص غبريال البراموسي والقمص أرمانيوس البراموسي وفي عام 1952 ميلادية.
بدأت خدمة القمص أنطونيوس ميخائيل حتي عام 1964 ميلادية وقد وجد في الكنيسة كتب مهداه من القمص متي المسكين وكيل البطريركية، في ذلك الوقت بتاريخ 15 مايو 1954 ميلادية وهي كتاب الأسرار وكتاب خاص بالقسم المقدسة الخاصة بالقداس الباسيلي وقطمارس الخماسين باللغة القبطية.
وقام بعمل الأساسات الخرسانية للكنيسة المهندس ممدوح نجيب ويصا وأكمل التشطيبات المرحوم المهندس أبراهيم عوض، وقد بدأ الأهتمام بالأفتقاد ورعاية شعب المنطقة التي تخدم الكنيسة وهي حي الشاطبي والأزاريطة والفراعنة وحي وابور المياه.
وفي يوم 4 يونيو 1990 ميلادية تم رسامة الآباء الكهنة القس برسوم يوسف والقس أسطفانوس عزيز للخدمة بمنطقة عمل الكنيسة، وقد تم اضافة خدمة كنيسة الأمير تادرس الشطبي بالشاطبي، وكنيسة العذراء ومارمرقس بكلية سان مارك الي الآباء كهنة الكنيسة.
و خدم بالكنيسة القس مرقص عبد الملك من عام 1962 حتي 1980 وفي عام 1974 خدم بالكنيسة القس أنسطاسي شفيق حتي فبراير 1987 بدءا من 20 فبراير خدم القمص أنجيليوس ميخائيل بناءا علي القرار البابوي، ثم قام قداسة البابا المعظم الأنبا شنودة الثالث برسامة الشماس صادق أمين سليمان كاهنا باسم القس بطرس أمين سليمان والشماس منصور عبد المسيح باسم القس بيشوي عبد المسيح وذلك بتاريخ امارس 1973 ميلادية، وقد بدأت خدمتهما اعتبارا من 9 ابرايل عام 1987 بعد رجوعهما من الدير.
و تم بناء الكنيسة بالدور العلوي ومذبحها الرئيس باسم القديسة العذراء مريم والشهيد مارجرجس والمذبح الذي بالهيكل البحري باسم الشهيد مارمينا والبابا كيرلس السادس، وتم إضافة ترأس من الجهة الغربية بين حجرة المعمودية بالجهة البحرية، وحجرة لأجساد القديسين بالجهة القبلية وتم انشاء حجرات أخري وتم استغلالها كمتبة لبيع الكتب الدينية ومكتبة صوتية ووسائل ايضاح.
وقد تم اقامة اول قداس بالكنيسة بالدور العلوي يوم الجمعة 18 ابريل 2003 ميلادية
وفي أحد الأعياد كان اباء الكنيسة ,وهما القس بطرس سليمان والقس بيشوي عبد المسيح والقس شنودة أنيس والقس ميخائيل تادرس في زيارة الي المتنيح قداسة البابا الأنبا شنودة الثالث بدير الأنبا بيشوي وقد أبدي قداسة البابا أعجابه بالكنيسة أثناء مروره بطريق قناة السويس وأشاد بالجهود المبذولة في أنشائها وفي يوم 25 مارس 2001 ميلادية تم وضع حجر الأساس للكنيسة بالدور العلوي
وفي مارس 2018 تم إزالة السقف المصنوع من الصاج الذي كان يغطي التراس الغربي المواجه لشارع قنال السويس واستبداله بسقف من الخرسانة المسلحة علي شكل قوس وبه عده نوافذ وصورمما أعطي واجهة جميلة للكنيسة تطل علي الشارع الرئيسي ويعلوها صليب، وتم اضافة مساحة 150 مترا للأدوار من الثاني الي الرابع مع عمل كافتيريا بمساحة مسطح مبني الخدمات وقدتم الأنتهاء من هذا العمل قرب نهاية عام 2019 ميلادية.
كما تم اضافة مذبح بالكنيسة بالدور الأرضي في الجهة البحرية باسم الشهيد ونس، والأنبا كاراس يوم 31 يناير بجوار مذبح القديس فيلوباتير مرقوريوس وبذلك يكون عدد المذابح بالكنيسة خمس مذابح ،
والكنيسة نالت بركة زيارة قداسة البابا كيرلس السادس ثلاث مرات عامي 1959 و61 19و 1971 ميلادية كما هو مدون بسجل الزيارات بالكنيسة.
ويذكر أنه قام صاحب الغبطة والقداسة البابا تواضروس الثاني بزيارة للكنيسة يوم الأربعاء 6 ابريل عام 2016 وبصحبته نيافة الأنبا بافلي الأسقف العام للشباب بالاسكندرية وقطاع المنتزة، والمتنيح نيافة الأنبا أبيفانيوس رئيس دير الأنبا مقار وقد أظهر أعجابة الشديد بها، والقي عظة الأربعاء الأسبوعية وكان موضوعها هل طرحت ضعفك أمامي في عشية عيد البشارة.
و يعود غدا مرة أخرى قداسة البابا تواضروس الي زيارة الكنيسة لتدشين الكنيسة ومذابحها بعد تجديدها، وأيضا بمناسبة مرور 75 سنة وهو اليوبيل الماسي للكنيسة على صلاة أول قداس بها.