وبدا يشرح معالم الكنيسة وتاريخها منذ ان جائت اليها العائلة المقدسة هربا من فلسطين ومكثت فى المغارة الموجودة بالكنيسة عدة اسابيع ، ويرجع تاريخ المغارة الى القرن الاول الميلادي وعمقها يبعد عن سطح الارض 6 امتار ، وتم اعمال الترميم بها واظهار الملامح الاثريه بها ، وكذلك بها جرن معوديه يرجع الى نفس التاريخ .
اسست الكنيسة في القرن الخامس باسم القديسين سرجيوس وواخس شهداء من سوريا ، وتم ترميمها مرتين واول ترميم كان علي يد الوزير المصري المعرف بالشهيد بين الكنيستين وهو يوحنا بن الابح والشهير لانه في القرن الحادي عشر رمم كنيسة ابو سرجة والشهيدة بربارة كنيسة القدسية بربارة ايضا والتى تبعد عن كنيسة ابو سرجة بعدة امتار واستهد فى الممر الذي يصل بين الكنيستين .
كذلك رممت الكنيسة مرة اخري في نهاية القرن الثامن عشر ، ونذكر هذا الدور للمتيح القمص غبريال جرجس والذي قام بترميم شامل للكنيسة .
ويذكر التاريخ بان هذه الكنيسة تم بها عقد اجتماع المجمع المقدس بها اربعة مرات لاختيار باباوات الكنيسة ، وهم البابا ايساك ال 41 ، والبابا ابرام بن زرعة ال 62 ، البابا مكاريوس الثاني ال69 ، البابا ميخائيل الثالث ال71 ، بالاضافة الى اقامة القداسات فيها.
وبعد ختام كلمته قدم الى قداسة البابا تواضروس ايقونة فريدة تجسد السيدة العذراء وهي تحمل السيد المسيح وهو على الصليب والمعروفة باسم ايقونة الخلاص .