حددت اتفاقية الحكم الثنائي بين مصر وبريطانيا عام 1899، الحدود المرسمة بين مصر والسودان، والتي ضمت المناطق من دائرة عرض 22 شمالًا لمصر وعليها يقع مثلث حلايب داخل الحدود السياسية المصرية.
وبعد أن عاد الاحتلال البريطاني عام 1902، أصبحت حلايب تابع للإدارة السودانية لأن المثلث أقرب للخرطوم منه للقاهرة.
وفي 18 فبراير عام 1958 قام الرئيس المصري جمال عبد الناصر بإرسال قوات إلى المنطقة وقام بسحبها بعد فترة قصيرة إثر اعتراض الخرطوم.
وقد ظلت المنطقة تابعة للسودان المصري إدارياً منذ عام 1902 ، ولكن ظهر النزاع إلى السطح مرة أخرى في عام 1992 عندما اعترضت مصر على إعطاء حكومة السودان حقوق التنقيب عن البترول في المياه المقابلة لمثلث حلايب لشركة كندية .
فقامت الشركة بالانسحاب حتى يتم الفصل في مسألة السيادة على المنطقة.
أرسلت السودان في يوليو 1994 مذكرة للأمم المتحدة ومجلس الأمن ومنظمة الاتحاد الأفريقي وجامعة الدول العربية، تشتكي الحكومة المصرية بتسعة وثلاثون غارة شنتها القوات المصرية في الحدود السودانية، منذ تقديم الحكومة السودانية بمذكرة سابقة في مايو 1993.
وقد رفض الرئيس المصري حسنى مبارك في 1995 مشاركة الحكومة المصرية في مفاوضات وزراء خارجية منظمة الاتحاد الأفريقي في إديس أبابا لحل النزاع الحدودي.
وبعد محاولة اغتيال الرئيس حسني مبارك في قمة أديس أبابا، اتهمت الحكومة المصرية نظيرتها السودانية بالتخطيط لعملية الاغتيال.
فأمر الرئيس حسنى مبارك بمحاصرة وطرد القوات السودانية من حلايب وفرض الحكومة المصرية إدارتها على المنطقة.
حاولت السلطات المصرية إغلاق مركز التجارة السودانية المصرية في شلاتين.
وفي عام 2000 قامت السودان بسحب قواتها من حلايب وقامت القوات المصرية بفرض سيطرتها على المنطقة منذ ذلك الحين.
وأعلنت الحكومة السودانية عام 2004 أنها لم تتخل عن إدارة المنطقة المتنازع عليها ولم تهجرها أو تسلمها للمصريين. وأكدت على تقديم مذكرة بسحب القوات المصرية إلى سكرتير الأمم المتحدة.
وقد قام مؤتمر البجا في ولاية البحر الأحمر في السودان بتوقيع مذكرة لاسترجاع إدارة المنطقة للسودان، حيث أوردوا أن قبائل البجا التي هي أصول وسكان هذه المنطقة يعتبرون مواطنون سودانيون.
في عام 2010 تم اعتماد حلايب كدائرة انتخابية سودانية تابعة لولاية البحر الأحمر وأقرت المفوضية القومية للانتخابات السودانية حق التصويت في الانتخابات السودانية لأهالي حلايب باعتبارهم مواطنون سودانيون إلا أن سكان المنطقة من البشاريين انتقدوا تقاعس الحكومة المركزية في إتمام العملية.
ومرة أخرى قام الرئيس السوداني بالتأكيد على سودانية حلايب.
كما قام مساعد الرئيس السوداني موسى محمد أحمد بزيارة للمنطقة تأكيد على سيادة السودان للمنطقة.
قامت القوات المصرية في عهد الرئيس المصري محمد حسني مبارك في عام 2010 باعتقال السيد الطاهر محمد هساي رئيس مجلس حلايب المنتمى لقبيلة البشاريين لمناهضته للوجود المصري في حلايب.
وشملت الانتخابات البرلمانية المصرية لعام 2011 في نوفمبر مثلث حلايب.
زار الرئيس المصري ” محمد مرسي ” السودان في إبريل 2013 وجددت هذه الزيارة الجدل حول مثلث حلايب حيث أفاد مساعد الرئيس السوداني “موسى محمد أحمد” أن الرئيس محمد مرسي وعد الرئيس السوادني عمر البشير بإعادة مثلث حلايب إلى وضع ما قبل 1995.
فيما نفى المتحدث الرسمي باسم رئاسة الجمهورية في القاهرة ” السفير إيهاب فهمي ” ذلك ووصف تلك الأنباء بأنها “إشاعة لا ترتكز على معلومات سليمة”.
كما زار رئيس أركان القوات المسلحة المصرية الفريق صدقى صبحى السودان في أواخر شهر أبريل 2013 وأوصل رسالة بلهجة حاسمة للمسئولين السودانيين تؤكد أن «حلايب وشلاتين» أرض مصرية خالصة، ولا تفريط فيها.
في مايو 2014 أفادت تقارير صحفية سودانية رسمية إن قوة من مشاة البحرية السودانية قد قامت باستبدال القوة المرابطة في حلايب وفقاً لنظام القوات المسلحة السودانية-حسبما جاء بويكيبديا الموسوعة الحرة.
وجدد رئيس الوزراء السوداني، إبراهيم الغندور مطالبته بعودة حلايب وشلاتين للسودان صباح اليوم.