صرح المهندس أحمد بهاء الدين رئيس قطاع مياه النيل وعضو الوفد المصرى بأن العلاقات الثنائية في مجال الموارد المائية والرى بين البلدين قد بدأت بتوقيع مذكرة تفاهم بين البلدين في مجال الموارد المائية في أغسطس 2006 بمنحة مصرية قدرها 26.6 مليون دولار لتنفيذ حزمة من المشروعات التنموية التي تعود بالنفع المباشر على مواطنى جنوب السودان .
مشيراً إلى ما حققه مشروعات التعاون الفنى مع جنوب السودان بالعديد من النجاحات والتى تشمل الإستعداد لتنفيذ عدد من المشروعات التنموية مثل مشروع تطهير المجارى الملاحية بحوض بحر الغزال، وتم إنتهاء من إنشاء أحد المراسى النهرية فى مدينة واو بولاية غرب بحر الغزال، والتى لها أهمية الاستراتيجية كبيرة فى ربط المدن والقرى الرئيسية بجنوب السودان ملاحياً، وذلك للعمل على تسهيل نقل البضائع والركاب بما ينعكس إيجابياً على تحسن الأحوال الاجتماعية والاقتصادية لشعب جنوب السودان، فضلاً عن تحسين الأحوال البيئية والأحوال الصحية.
وعلى جانب المشروعات الخدمية الأخرى الجارى تنفيذها ، مشروع حفر وتجهيز عدد (30) بئر جوفى مزودة بخزانات علوية وشبكة توزيع لتأمين إحتياجات مياه الشرب النقية لحوالى 500 الف مواطن جنوبي ولتوفير مياه الشرب للثروة الحيوانية بجنوب السودان، وأيضاً مشروع تأهيل محطات قياس المناسيب والتصرفات بدولة جنوب السودان بهدف توفير كافة البيانات والمعلومات الخاصة بمشروعات التنمية فى جنوب السودان، بالاضافة الى إنشاء محطة رفع لمياه الشرب النقية بمدينة واو توفير الاحتياجات المائية للاستخدامات المنزلية والثروة الحيوانية للتجمعات السكانية المعزولة خارج مدينة واو والذى يجرى حالياً تنفيذه بمعرفة شركة المقاولون العرب المصرية.
كذلك مشروع إعداد دراسات الجدوى الخاصة بسد واو المتعدد الأغراض والذى تقوم به مصر لصالح دولة جنوب السودان كجزء من المنحة المقدمة، فقد أفاد سيادته أنه يعد أحد أهم مشروعات التعاون الفنى مع جنوب السودان، وقد تم الانتهاء من دراسات الجدوى الفنية له وتشمل (دراسات إنشائية وهيدروليكية ودراسات الطمى وتصميمات محطة الكهرباء وخط النقل الكهربائى)، ويجرى حالياً التحضير لعقد ورشة عمل موسعة لعرض هذه الدراسات على الجهات التمويل الدولية المانحة للمشاركة فى تمويل بناء السد والذى من المقدر أن يصل إلى 2.0 مليار دولار بجميع مشتملاته.