أوضح أحمد صالح باحث علوم المصريات ان المسيحية دخلت إلي النوبة بشكل موسع في القرن الرابع الميلادي بعد أن عين اثناسيوس بابا الإسكندرية الكاهن مرقص علي جزيرة فيلة عام 373 م , ومن المعروف أن معابد فيلة قد استغلت ككنائس بالإضافة إلي تشييد كنائس بنفس الجزيرة , ولكن الحدث الابرز في تاريخ المسيحية في النوبة كان في اواخر القرن السادس عندما هزم حاكم نوباتيا سيلكو البليميين وسجل انتصاره عليهم علي جدران معبد كلابشة ومن خلال النص يبدو ان الملك النوباتي دخل الديانة المسيحية.
مشيرا الى ان كان هناك صراع حول جذب النوبيين إلي المذهب الكاثوليكي أو مذهب كنيسة الإسكندرية , وكان هناك خلافا بينهما حول طبيعة السيد المسيح , فبينما أمنت الكنيسة الكاثوليكية الرومانية بفصل الطبيعة البشرية عن الطبيعة الإلهية للمسيح رأت الكنيسة القبطية أن الطبيعة الإلهية امتصت ودمجت الطبيعة البشرية وصارا الاثنان طبيعة واحدة , ومن الطريف أن الإمبراطور الروماني جستنيان كان مؤمنا بمذهب الكنيسة الرومانية بينما كانت زوجته الإمبراطورة تيودورا تؤمن بمذهب الكنيسة القبطية بالإسكندرية , ونجحت الإمبراطورة تيودورا بالتحايل في إيصال الكاهن جوليان إلي مملكة نوباتيا , واستطاع إقناع ملك نوباتيا ومجموعة من نبلاؤه بالتحول إلي المسيحية عام 545 , وهذا هو التاريخ الفعلي لدخول المسيحية إلي النوبة , وبعد أربعة وعشرين سنة من تحول نوباتيا انضمت إلي الديانة المسيحية مملكتي المقرة و علوة.
وانقسمت الكنيسة في العصر المسيحي إلي سبعة اسقفيات تغطي منطقة النوبة كلها وهي كلابشة و قورتة و أبريم و فرس و صاي و دنقلة و سيونكور , وكلها كانت تتبع البطريركية القبطية بالإسكندرية , وكانت المقرة في بداية دخولها المسيحية تؤمن بمذهب الكنيسة الرومانية , ولكنها تحولت إلي الكنيسة القبطية فيما بعد.