هذه الكنيسة التى طلعت من البرية الغربية فى صحراء مرسى مطروح بدات بفكرة فى راس البابا كيرلس السادس ونفذتها العناية الالهية مستخدمة القمص فانيوس مترى ورواها اول اسقف لمرسى مطروح الانبا باخوميوس الذى يعتبر اول رسامات البابا شنودة الثالث فى 12 / 12 / 1971 فاهتم بالنبتة الصغيرة وسام لها القمص انجليوس برسوم فى 1 / 8 / 1980 ثم القس متى زكريا فى 12 / 12 / 2004 ( تمت ترقيتة لدرجة القمصية فيما بعد ) خلال هذه الاعوام
خدم بها وفيها كل من القمص بيجيمى الانبا بولا والقمص اوغسطينوس دانيال والمتنيح القس شنودة جبرة واتعابة الكثيرة فى استخراج تراخيص المبانى واستصدار القرار الجمهورى واتعابة فى هدم مبنى الكنيسة القديم وبناء المبنى الحالى للكنيسة وبذلة وسهرة ومحبتة الشديدة للكنيسة والتى خدم فيها الى وقت نياحتة ويخدم ايضا حاليا فى الكنيسة القس نوح نبيل كانت الكنيسة سبب بركة لمطروح كلها ودعم وجود كنائس وخدمات متعددة مثل كنيسة الشهيدين الذى يخدم بها القمص اوغسطينوس دانيال والقس نيقولا عزيز وكنيسة الملاك بالريفية والتى يخدم بها القس كيرلس ميخائيل والقس جاورجى مراد
كما ان هناك اباء كهنة القس اغاثون حليم للحمام والقس اخنوخ فرج للضبعة والقس ماركوس ميخائيل للعلمين ومبانى المصايف العذراء وغصن الزيتون والكرمة وارض الكيلو 4 وخدمة الاقباط فى السلوم وبرانى وسيوة والضبعة ( قبل رسامة القس فيلوباتير والقس اغاثون حليم والقس اخنوخ فرج ) ومن ثمار الكنيسة تكريس رهبان وراهبات وكهنة منهم القمص برنابا البراموسى والقمص ميخائيل ميخائيل ( كنيسة مارمرقس بالبرازيل ) والقمص متى زكريا كاهن الكنيسة واراهب نيقولاوس افامينا والراهبة انجيلينا ابى سيفين ( مصر القديمة ) والراهبة خاريس ابى سيفين ( مصر القديمة ) والراهبة روفينا القديسة دميانة بالبرارى كما خدم بالكنيسة لفترة وكرسوا حياتهم منهم المتنيح الانبا اغناطيوس اسقف السويس والقمص شنودة افامينا والقمص لوقا السريانى والقمص تيوثاوس المحرقى والقس اندراوس شكرى ( العذراء بابليون الدرج ) والقس اباكير ابراهيم وساهم فى بناء قواعد الخدمة بالكنيسة اباء مباركين منهم المتنيح الانبا مكسيموس مطران القليوبية حينما كان راهبا وشارك فى تاسيس الخدمة القمص ابراهيم توفيق كاهن كنيسة الانبا بولا بارض الجولف ( الشماس د جميل ابراهيم ) والمتنيح القمص يوسف مجلى كاهن الاسكندرية والكنسة يوجد بها خدمات التربية الكنسية وخدمات الليتوجية والصلوات اليومية وصلاة نصف الليل وقت سيامة المتنيح القمص انجليوس برسوم والكنيسة تباركت بوجود رفات شهداء الفيوم واخميم والتى اودعها الانبا باخوميوس بالكنيسة فى عيد النيروز عام 1991 ورفات الشهيد ابانوب التى اهداها البابا تواضروس الثانى ونيافة الانبا كاراس الاسقف العام بالمحلة الكبرى وتم ايداعها بالكنيسة يوم عيد النيروز عام 2015 بيد الانبا باخوميوس
وتوجد بالكنيسة عدد 9 مذابح ومبانى الكنيسة كالتالى البدروم وبة الكانتين بالدور الارضى توجد المكتبة وحجرة القربان بيت لحم وكنيسة العذراء وبها ثلاث مذابح العذراء _المعمدان وزكريا واليصابات _ يواقيم وحنة البلكون الذى يعلو كنيسة العذراء وبة مذبحان الانبا ابرام والبابا كيرلس السادس _ الانبا ىمكاريوس والانبا باخوميوس _ مكاتب الاباء الكهنة _ مركز الكمبيوتر – مكتب نيافة المطران الدور الثانى كنيسة الشهيد ابانوب وبة ثلاث مذابح القديس ابانوب واطفال بيت لحم – الانبا بيشوى والانبا كاراس – الشهيدة دميانة والام دولاجى – الحضانة الدور الثالث قاعة الاكليريكية وفصول مدارس الاحد الدور الرابع قلاية الراهب القمص بيجيمة والتى تم ادادها وتجهيزها لمبيت قداسة البابا تواضروس الثانى اثناء زيارتة التاريخية لمرسى مطروح والكنيسة الدور الخامس قلاية الانبا باخوميوس – الصيدلية – حجرة اخوة الرب – قلاية الراهب القس تادرس السكندرى سكرتير الانبا باخوميوس الدور السادس مذبح الملاك غبريال ويوسف النجار
اما امناء الخدمة اعلى مدار 50 سنة ا سمير صبحى – ا وديع برسوم ( ابونا انجليوس برسوم ) ا اسحق عوض ( ابونا برنابا البراموسى ) ا مجدى فوزى ( حاليا ببنى سويف ) ابونا متى زكريا وحاليا ا نبيل ميخائيل
زيارات البطاركة والمطارنة والاساقفة زارها البابا تواضروس الثانى كقس وكاسقف وكبطريرك ويقوم الانبا باخوميوس بزيارتين فى السنة الاولى 24 يونيو للاحتفال ببدء الخدة بكنيسة الشهيدين مار مرقس ومار جرجس والقديس نيقولاوس مع اعياد القديسين مارمرقس ومارجرجس وتطيب رفات القديسين ويزور كنيسة العذراء ايضا والزيارة الثانية فى عيد النيروز وتطيب رفات شهداء الفيوم واخميم وابانوب هذا وقد تم افتتاح الاستراحة الخاصة بالانبا باخوميوس فى مبنى خدمات كنيسة العذراء يوم 23 / 6 / 2015 والذى اتخذة مقرا لنيافتة اثناء زيارة مطروح زار الكنيسة عدد من الاساقفة على مر ال 50 عام نذكر منهم
المتنيح الانبا دوماديوس مطران الجيزة والمتنيح الانبا مكسيموس مطران القليوبية والمتنيح الانبا غريغوريوس اسقف عام الدراسات القبطية واللاهوتية والمتنيح الانبا مينا افامينا والانبا بنيامين مطران المنوفية والانبا باخوم اسقف سوهاج والانبا رويس الاسقف العام والانبا متاؤس اسقف وؤئيس دير السريان والانبا يؤانس اسقف اسيوط والانبا سيرافيم اسقف الاسماعلية والانبا ايساك الاسقف العام والانبا يوليوس اسقف عام كنائس مصر القديمة واسقفية الخدمات والانبا بافلى الاسقف العام لكنائس قطاع المنتزة والشباب بالاسكندرية والانبا اسحق الاسقف العام بالفيوم والانبا كاراس الاسقف العام بالمحلة الكبرى والانبا دجانيال اسقف ورئيس دير الانبا بولا والانبا انجليوس الاسقف العام بشبرا والانبا ابانوب الاسقف العام بالمقطم وزار الكنيسة وصلى بها المتنيح القمص ابرام الصموئيلى ( التوماسى ) وزارت الكنيسة المتنيحة تماف ايرينى وكانت تربطها محبة مع المتنيح ابونا انجليوس زار الكنيسة وصلى بها المئات من الاباء الرهبان والاباء الكهنة وشهد قداس عيد الرسل فى 12 / 7 / 2015 مشاركة 38 كاهن بالصلاة من كنائس مختلفة من مصر ومن خرجها وتوجت الزيارات بالزيارة التاريخية لقداسة البابا تواضروس الثانى يومى 28 و 29 سبتمبر 2016 واصدر بمناسبنها القس متى زكريا كتاب بعنوان زيارة تاريخية ومحبة وطنية البابا فى مطروح قدم للكتاب قاسة البابا والانبا باخوميوس وكان الكتاب مصدر لنا فى اعدا هذه المادة بالاضافة للزيارة الميدانية للكنيسة وتفقدها على الوقع بمصاحبة القمص متى زكري والق نوح نبيل وكان قد سبق ان صدر كتاب ايضا لقدسة بعنوان عمل الروح فى برية مطروح كما صدر كتاب فى مناسبة الذكرى الاربعين لنياحة القس شنودة احد العلامات الكنسية البارزة فى مطروح