أصر قداسة البابا تواضروس الثاني، أن يشارك بموكب دفن نيافة الأنبا أبيفانيوس، من الكنيسة الأثرية إلى مدفنه الأخير، حيث يسجى جثمانه الطاهر بكل تواضع ووداعة وسط أبنائه وأبنائه الرهبان، دون أن يوصي بعمل مزار خاص به.
كان البابا متألم جدا طوال ترأسه لصلاة الجناز, وفي كلمته قال إننا خسرنا أنبا أبيفانيوس، الحكيم الذي تميز بروح الوداعة.
ومع طقس دفن الجثمان رفع البابا الصلاة الخاصة, وقبل إغلاقه وضع قداسة يده طالبا الصلاة, والشفاعة من روح مثلث الرحمات نيافة الأنبا أبيفانيوس المتنيح.