أصدر “الملك فؤاد” فى سراى “رأس التين” الأمر الملكى رقم 58 لسنة 1922م بالتصريح بإنشاء الكنيسة بتاريخ 29 يونيو 1922 ، وتوالت مراحل البناء.
وترجع فكرة انشاء الكنيسة عقب تأسيس البارون البلجيكي “إدوارد إمبان” حى “مصر الجديدة” عام 1906 كمجتمع جديد راقى وصحى فى الصحراء شمال شرق القاهرة. وقد نجح البارون فى تنفيذ وتسويق هذا الحى فأقبل على سكنه الكثير من المصريين والأجانب من أبناء الطبقتين الوسطى والعليا ، وهو يعد حتى اليوم من أرقى أحياء القاهرة وبه مقر رئاسة الجمهورية ومطار القاهرة الدولى.
حيث سكنت مجموعة من العائلات القبطية الحى الجديد وظهرت بينهم فكرة إنشاء كنيسة قبطية فخاطبوا عام 1914مدير شركة هليوبوليس (مالكة الحى) لإيجاد كنيسة لهم بمصر الجديدة.
وفى عام 1917 فتح الأستاذ فريد كامل الصحفى بجريدة “الوطنية” بيته لعقد إجتماع صلاة إسبوعى لسكان الحى الاقباط وكان يدعو له وعاظ مثل الارشدياكون “حبيب جرجس “وغبريال سليمان (وقد رسم كاهنًا فيما بعد لكنيسة بميت غمر)، والواعظ إبراهيم لوقا (القمص إبراهيم لوقا) والقمص مرقس سرجيوس.
اجتمع اقباط مصر الجديدة يوم 24/2/1918م وقاموا بتشكيل جمعية لتأسيس كنيسة قبطية وانتخبوا لجنة من بينهم لمتابعة هذا العمل . وفى 19/2/1919م قررت اللجنة اختيار بعض الأعضاء لمقابلة غبطة البابا كيرلس الخامس لعرض مشروع بناء الكنيسة حيث وافق عليه وأصدر طرس بركة. واختار قداسته اسم مارمرقس ليكون شفيع الكنيسة.
فى أكتوبر1920م تسلمت اللجنة من الشركة قطعة الأرض التى تم تخصيصها لبناء الكنيسة ومساحتها 3300 متر مربع (الأرض المبنى عليها الكنيسة ومساحة الملعب المطل على شارعى كليوباترا وبيروت).
عقد فى 15/5/1921م جمعية عمومية حضرها الارشدياكون حبيب جرجس ودعى خلالها للإكتتاب لأنشاء الكنيسة ، وتم بالفعل جمع مبلغ 338 جنيهاً من أقباط مصر الجديدة (كان أكبر مبلغ فى التبرعات مائة جنيه وأقل مبلغ خمسون قرش).
قام المهندس الإيطالى “جوزيبى تافاريللي” بتصميم الكنيسة بالتعاون مع الخواجة “حنا نسيم” وهو المقاول الذى قام بتنفيذ الكنيسة وأول ناظر لها ، ثم تم ارسال الرسومات لشركة هليوبوليس بالعاصمة البلجيكية بروكسل لضمان تماشيها مع النسق المعمارى للحى وقد وافق مجلس ادارة الشركة عليها.
تم وضع حجر أساس الكنيسة فى 16 يونيو 1922 ومنذلك
التاريخ ظلت كنيسة مارمرقس متأسسة على حجر المحبة الأخوية متأصلة بتعاليم المسيح حتى بمرور الزمان ظلت نوذجا حيّا للكنيسة الاولى حسب ما أسسها مارمرقس الرسول كاروز الديار المصرية والتى تجمع الان اكثر الواعظين شهرة لهذا العصر أمثال القمص يوحنا باقى والقمص دَاوُدَ لمعى والقمص بولس جورج والقس موسى نصرى وإضافة الى اباء الكنيسة الستة ايضا المفوهين بحكمة الروح القدس ،كما انها تقدم أنشطتها وخدمتها المختلفة لجميع فئات المجتمع المصرى بما يشمل قرى الصعيد ايضا.