أثار التقرير السنوى للمجلس القومى لحقوق الانسان كثير من الجدل، بعد الكشف عن انفاق 7ملايين و900 ألف جنيه فى شراء سلع وخدمات خلال الفترة من يولغيو 2013 وحتى ديسمبر 2014، إلى جانب أكثر من 13 مليون جنيه أجور ومرتبات خلال الفترة من يوليو 2013 وحتى ديسمبر 2014.
رغم ما ينفقه المجلس القومي لحقوق الإنسان من ملايين الجنيهات يكتفى بطباعة عدد محدود من التقرير السنوى العاشر، ويتعمد عدم نشر تقرير بعثة تقصي الحقائق ضمن محتويات التقرير بشأن رصد الاعتداءات على الكنائس واقسام الشرطة عقب فض اعتصام رابعة العدوية والنهضة رغم انه يختص بالفترة من يوليو 2013 وحتى ديسمبر 2014!
ورغم أن التقرير الذى صدر اليوم يختص بالفترة من يونيو 2013 وحتى ديسمبر 2014، إلا أنه غفل الحديث باستفاضة عن اعتداء الجماعات الإرهابية على الكنائس، عقب فض اعتصامي رابعة العدوية وميدان النهضة في أغسطس 2013، وبالرغم من إيفاد المجلس لجنة تقصي حقائق لرصد هذه الانتهاكات، إلا أن المجلس أصرَّ على عدم نشر تقرير البعثة.
وفى إطار تحليل الشكاوى التى تلقاها المجلس خلال هذه الفترة، فيما يتعلق بحرية الفكر والاعتقاد، رصد المجلس عددا من شكاوى المواطنين، وخاصة من البهائيين، بشأن عدم قدرتهم على استخراج أوراق ثبوتية لهم، أو لأبنائهم، تساعدهم في الحصول على كثير من الأمور المتعلقة بالأحوال الشخصية، في حين تجاهل التقرير أية شكاوى خاصة بالمسيحيين تتعلق ببناء الكنائس، أو التمييز ضدهم في المناصب العامة، ولم يشر إلى أى أرقام بشان الخسائر التى تعرضت لها الكنائس والجمعيات المسيحية على خلفية اعتداء أنصار جماعة الاخوان على الكنائس وخاصة فى المنيا بعد فض الاعتصامات فى أغسطس 2013.