بعد غيبة امتدت إلي نحو ثلاثة شهور قام قداسة البابا شنودة الثالث بزيارة الإسكندرية, وكان الشعب القبطي السكندري وفي المحافظات المجاورة قد توجهوا إلي الكاتدرائية المرقسية بالإسكندرية منذ صباح الجمعة الأسبق بعد علمهم بموعد وصول قداسة البابا إلي الإسكندرية, وفي ذات الوقت كانت قد علقت في ساحة الكاتدرائية لافتات الترحيب بالبابا وشكر قداسته علي ثقته في تعيين الأب الموقر القمص رويس مرقس مشرقي وكيلا عاما للبطريركية.
وكان مساء يوم الجمعة 26/6/2009 يوما مشهودا فبوصول قداسة البابا شنودة الثالث دقت أجراس الكاتدرائية الكبري ترحيبا بقداسته وما أن وصل إلي المقر البابوي الجديد وبرفقته أصحاب النيافة الآباء الأساقفة الجدد الذين تم سيامتهم في عيد العنصرة, وأيضا صاحبا النيافة الأنبا يوأنس والأنبا إرميا سكرتيرا قداسته دوت عاصفة من التصفيق والتهليل وأطلقت السيدات الزغاريد وسط فرحة كبيرة.
وكان في استقبال قداسة البابا نيافة الأنبا كيرلس آفامينا أسقف ورئيس دير مارمينا العجايبي بصحراء مريوط, والقمص رويس مرقس مشرقي وكيل قداسة البابا ووكيل عام البطريركية بالإسكندرية وأعضاء المجلس الملي السكندري, والآباء كهنة الإسكندرية, وخورس الشمامسة وكورال الكنيسة وعدد من الأراخنة الأقباط وجموع الشعب الذين حياهم قداسته بكل محبة وشكر, وصافح قداسته كبار مستقبليه, وتقدمت جموع الشعب لنوال البركة.. وبعد استراحة قصيره لقداسة البابا عقد اجتماعا مع المجلس الملي السكندري تناول عددا من الأمور التي تخص الكنيسة.
وفي صباح السبت قبل الماضي عقد قداسة البابا اجتماعا مع مجمع كهنة الإسكندرية, ثم التقي بلجنة البر بالبطريركية.
وفي مساء الأحد 28/6/2009 كان اللقاء الذي ينتظره الشعب القبطي السكندري بشوق منذ شهور فاكتظت الكاتدرائية علي اتساعها بجموع الشعب وأنشد كورال كنيسة مارجرجس والأنبا أنطونيوس بمحرم بك وقاد القمص يوحنا نصيف بعض التراتيل. وقبل محاضرة قداسة البابا التي اعتاد أن يلقيها علي الشعب كل أسبوعين تحدث القمص رويس مرقس وكيل عام البطريركية, قائلا: شكرا للرب أن أكون كاهنا في عهد البابا شنودة الذي وضع يده علي عام 79 وفي إشارة إلي تعيينه وكيلا للبطريركية قال: إن محبته وثقته في لا أستحقها.