يقع الدير علي الطريق الشرقي من أخميم إلي نجع حمادي,ويبعد 35كم جنوب أخميم أي ناحية الضفة الشرقية لجرجا بقرية نجع الدير مركز دار السلام محافظة سوهاج,وشرق مدينة جرجا أي علي الضفة الشرقية لنهر النيل بمواجهة جرجا حاليا,وكان يتبع إيبارشية جرجا في عهد نيافة الحبر الجليل الأنبا مينا مطران الإيبارشية.
يرجع تاريخ إنشائه إلي القرن الرابع الميلادي وكان قديما يحتل مساحة سبعة أفدنة,ولكن حاليا يحتل نحو فدان ونصف تقريبا,وهو محاط بسور عال من الناحية الشرقية والقبلية,وأقل ارتفاعا من الناحية الغربية,وذلك بعد قيام البعض بالبناء علي الأراضي المجاورة له.
وكما جاء في المخطوطات فإن إنشاء الدير كان علي يد الملكة هيلانة والدة الملك قسطنطين الكبير في عصر الأنبا باخوميوس مؤسس الرهبنة الباخومية (أب الشركة).
*كنائس الدير:
-كنيسة رئيس الملائكة ميخائيل الأثرية:
تقع في الركن الجنوبي الشرقي من الدير وتشبه كنائس وأديرة أخميم من حيث الطراز المعماري في البناء والزخرفة وتشتمل علي خمسة هياكل هي مذبح أبي سيفين,مذبح رئيس الملائكة ميخائيل,مذبح السيدة العذراء المنشأ حديثا 1589,مذبح القديسة فيرونيا,مذبح الأنبا شنودة رئيس المتوحدين.
*مقتنيات الدير الأثرية:
قطعة رخامية توجد أعلي الباب البحري للكنيسة الأثرية محفور عليها صليب مزخرف وأحرف قبطية تشير إلي أيقونة الملاك ميخائيل,والكرسي الأثري الذي كان يجلس عليه الأنبا يوساب الأبح أسقف جرجا وأخميم.
وثلاث منجليات أثرية قديمة تستخدم في القراءات القبطية والعربية,وبعض الصور الأثرية للسيدة العذراء تحمل السيد المسيح وصورتين للملاك ميخائيل والملاك غبريال,وأيقونة للصلبوت وأخري للقيامة من الفن البيزنطي.
بعض الكتب الأثرية المنسوخة بخط اليد ”للقطمارس” عربي وقبطي والمدايح والعظات والسنكسار.
وأيضا صليب من الجرانيت علي باب الدير من الخارج مع بعض الكلمات القبطية واليونانية والهيروغليفية القديمة.
*كنيسة الشهيد العظيم مارجرجس:
تقع أمام الباب الخارجي للدير,وهي حديثة البناء يرجع تاريخها إلي نحو 150عاما وتم تجديدها في عهد المتنيح الأنبا مينا.
*كنيسة المغطس:
هو اللقان القديم وكان يستخدم ثلاث مرات في السنة في عيد الغطاس وخميس العهد وفطر صوم الرسل,ويوجد به مذبح باسم الشهيد يوحنا المعمدان ومذبح للقديس القس عبد المسيح المقاري.
*البئر:
يوجد بئر للرهبان بجوار باب المغطس,يرجع تاريخها إلي تاريخ الدير من 1650سنة,وقل استعمالها في الوقت الحالي.
*صمود الدير عبر التاريخ:
أشار المؤرخ سينكار إلي أنه لم يكن هناك كنائس في مدينة جرجا عام 1721 وكان المسيحيون يعبرون النيل ليصلوا في الدير في ذلك الحين.
ذكر المؤرخ ليو الإفريقي (1491-1552م) أنه كان بالدير مائة راهب في القرن السادس عشر,وكان هذا الدير من أكبر أديرة مصر,كما كان مقرا لمطرانية جرجا وأخميم.
كما ذكر بعض علماء الآثار وجود مقابر ما قبل التاريخ علي مقربة من الدير تم اكتشافها عام .1910