أشار المركز المصري للدراسات الاقتصادية إلى أن معالجة وإنهاء النزاعات الضريبية ستكون بمثابة خطوة أساسية في سبيل معالجة مشكلات المجتمع الضريبي في مصر، فهي التي تستهدف فقط جذب حصيلة من الضرائب المتأخرة ومعالجة مشكالت قضائية تصل إلى 6 آلف قضية أمام المحاكم الجنائية، إلى جانب عبء تشكيل لجان لفض منازعات ولكنها ستساهم أيضا في تكوين قاعدة للثقة بين المتعاملين ومنظومة الضرائب الجديدة التي تسعي وزارة المالية لتكوينها، منوهاً أن المنظومة الضريبية المصرية تحتاج إلى تعديلات جذرية وشاملة بدءاً من تخطيط السياسات الضريبية ووضع أسس جديدة للتقاضي الضريبي وحتى وضع خطط ضريبية تخص القطاع غير الرسمي وتحصيل الضرائب على المهنيين، وهذا يستلزم التكامل مع خطط موازية إلصالح منظومة “الكاش” الذي يتعامل به المجتمع المصري، وتدعيم نظام للفواتير يحد من المبيعات خارج المنظومة مع تهيئة الأجهزة الإدارية الخاصة بالضرائب ،
وأشار المركز أن هناك حاجة ماسة لوضع قانون موحد لإلجراءات الضريبية وإنشاء محاكم ضريبية متخصصة، خاصة بعد صدور حكم المحكمة الدستورية العليا بعدم اختصاص المحاكم العادية بنظر منازعات ضريبة المبيعات وذلك أسوة بالتجارب العالمية في هذا الشأن كما يجب أن يتضمن القانون الجديد لفض المنازعات الضريبية آلية ناجزة داخل مصلحة الضرائب لمعالجة هذه المشكالت مستقبال.
وأوصى المركز بضرورة تعديل السياسة الضريبية تجاه المشروعات الصغيرة والمتوسطة، بحيث يتم وضع نظام للمعاملة الضريبية المميزة ألنشطة المشروعات الصغيرة والمتوسطة لفترة محددة كبديل عن الضريبة النسبية على الإيرادات أو الإرباح وفقا لضوابط تضعها مصلحة الضرائب، كضريبة مقطوعة على المشروعات الصغيرة والمتوسطة لتحفيزها على االنضمام للمنظومة الرسمية بحيث يكون تعديل النظام الضريبي أحد المحفزات الرئيسية على ضم الاقتصاد غير الرسمي للمنظومة الرسمية، وذلك بالتكامل مع الحوافز المقدمة للمشروعات الصغيرة والمتوسطة وتوفير فرص تمويلية منخفضة التكلفة لها.